Платежей было много, а средств к содержанию духовенство имело мало. Только немногие церкви имели вотчины, и то небольшие, например деревни в 2-4 двора. Небольшое число церквей получало ругу от правительства, но в очень малом количестве. Затем все средства существования причтов вполне зависели от приходских общин.

 Одни общины отмежевывали на содержание причтов земли, другие, вместо земли, назначали условное количество руги.

 Кроме руги, причт собирал по праздникам, раза 4 в год, с прихода еще сборы или запросы, обыкновенно хлебом, яйцами и другими припасами, наконец, пользовался обычным доходом за требоисправления. Благосостоянию духовенства много вредило неправильное распределение приходов, не соразмерное с числом населения, и непомерное размножение самого духовенства. Стоглав почел нужным издать запрещение строить лишние церкви, которых строители не могли обеспечить средствами, нужными для их существования.

Вследствие излишка духовенства и бедности приходов появилось много так называемых бродячих, или перехожих попов, которые со своими ставлеными и перехожими грамотами ходили с места на место, нанимаясь служить при церквах на год или на другой срок. В городах, особенно в Москве, из этих безместных священнослужителей, служивших по найму, образовался класс крестцового духовенства. Стоглавый собор обратил серьезное внимание на этот беспорядочный люд, производивший большой соблазн. 

Велено было выстроить для этих попов на крестце поповскую избу, чтобы они по крайней мере не стояли для найма на улице, и посадить в ней для надзора за ними поповского старосту. Между бродячим и крестцовым духовенством много попадалось людей без всяких грамот и даже состоявших под запрещением; поэтому собор распорядился о строгом досмотре у него грамот.
Меры к улучшению нравов белого духовенства.
Бедность духовенства, зависимость от приходов и исключительно обрядовая его постановка в обществе (причем со стороны духовного лица требовалось только исполнение треб и обрядов и не было запроса на развитие собственно пастырских качеств), производили заметный упадок и в нравственном состоянии духовного чина. Митрополит Феодосий думал «попов и дьяконов нужно навести на Божий путь», рассказывает летопись, «нача на всяку неделю сзывати их и учити по святым правилом, и вдовцом диаконом и попом повела стричися, а еже у кого наложницы будут, тех мучити без милости, и священство сымая с них, и продавать их». Вдовым священнослужителям, не постригавшимся в монашество, служение было запрещено еще при митрополитах Петре и Фотии. Запрещение это повторено потом на соборе 1503 года. 

Священник Георгий Скрипица, сам будучи вдовцом, тогда же протестовал против этого решения. «Пусть, — писал он собору, — подвергаются запрещению те, которые не хранят своего вдовства. Зачем же без вины осуждать всех? Правильно ли, что вдовый священник, постригшись, может служить, а тот же священник, не постригшись, не может служить? Разве женою поп свят? Который поп имеет жену, чист, а не имеет жены, не чист, а чернец, не имея жены, чист. И вы, господне мои, которым прозрели духом чистых и нечистых?»

 Протест остался без успеха. На нравственные недостатки духовенства обратил внимание и Стоглавый собор, но его распоряжения тоже ограничились только усилением надзора за духовенством и строгости наказаний да запрещением священнослужения вдовцам, т. е. теми же мерами, какие были и прежде, и бесполезность которых была уже испытана; кроме этого, сказано было еще несколько слов о том, чтобы святители испытывали жизнь ставленников и ставили только достойных, но откуда брать этих достойных, не сказано.