Монгольский погром печально отозвался на состоянии Русской церкви, произведя в ней сильное расстройство порядка. При разорении Киева без вести пропал недавно присланный из Греции митрополит Иосиф. На место его, по влиянию князя Даниила Романовича, около 1243 года избран был новый митрополит из русских, Кирилл II.

 Возвратясь из Греции с своего посвящения (около 1247 года), он уже не нашел себе удобного приюта в разоренном Киеве и должен был выбрать для своего местопребывания другой город, — или Галич, столицу южного великого князя, или Владимир, столицу великого князя северного. Он не мог еще сделать между ними решительного выбора и, не имея таким образом «пребывающего града», все время своего 33-летнего святительства провел в разъездах по всей митрополии с места на место. Но и теперь было уже видно, что северная столица будет предпочтена им Галичу: большую часть своего управления Кирилл провел на севере, долгое время не рукополагая во Владимире даже особого епископа; он рукоположил туда епископа Серапионауже в 1247 году. 

Во время своих разъездов митрополиту повсюду пришлось видеть много беспорядков как в церковном управлении, так и в жизни народа. Это послужило поводом к замечательным постановлениям собора, созванного им в 1247 г. во Владимире по случаю постановления Серапиона. Первосвятитель держал на этом соборе сильную речь против замеченных им нестроений, выставляя их причиною кары Божией на Русь и всех современных бед. 

Собор обратил внимание на поборы при поставлении ставленников во священный сан и на работы, какие они должны были нести в пользу архиерейских домов в том случае, когда заплатить за поставленье им было нечем, назначил взимать с них только такое количество сбора (7 гривен), какое было нужно для покрытия необходимых издержек при поставлении, и указал рукополагать их только после внимательного их испытания; исправил некоторые вкравшиеся в последнее время неисправности в совершении богослужения; духовных лиц, впадавших в зазорную жизнь, распорядился лишать сана; обратил внимание на народный разгул и бесчиния в препровождении праздников и прочее. Для руководства в церковном управлении митр. 

Кирилл представил на утверждение собора новый список церковных правил, выписанный им из Болгарии и содержавший в себе полный Номоканон с прибавлением еще неизвестных до сих пор в России новых церковных постановлений и толкований на правила. 

Извещая об этом собор, он говорил, что церковные правила доселе «помрачены были облаком мудрости еллинского языка, ныне же облисташа, рекше истолкованы были и благодатию Божиею ясно сияют, неведения тьму отгоняюще».

 Наконец в правление того же митрополита, как мы видели, определены были отношения Русской церкви к монголам в ярлыке Менгу-Темира и устроена Сарайская епархия. Деятельный святитель скончался в 1280 году и был погребен в Киеве.